Początkowo zabytki gromadzono w ogrodzie Azbakian , później przeniesiono je do innego budynku w cytadeli Saladyna. W 1857 w Bulak August Mariette założył na bazie zgromadzonych dotychczas zbiorów muzeum sztuki egipskiej , pierwsze tego rodzaju muzeum na obszarze Bliskiego Wschodu. W 1880 zostało ono przeniesione do przybudówki pałacu Ismaila Paszy w Gizie, żeby ostatecznie ulokować się w specjalnie wybudowanym budynku, w którym mieści się do dnia dzisiejszego.
Dzisiejszą siedzibę, dwupiętrowy neoklasycystyczny budynek, zaprojektował francuski architekt Marcel Dourgnon w 1900 r. Na niewielkiej powierzchni zgromadzono dotychczas ok. 120 tysięcy przedmiotów. Zwiedzający mogą podziwiać m.in. wyposażenia z grobowca faraona Tutanchamona, w tym jego słynną złotą maskę; kolekcję portretów fajumskich, królewskie mumie, posągi faraonów, ich żon oraz bogów i bogiń egipskich.
Przed budynkiem ustawiono popiersia najwybitniejszych archeologów i badaczy starożytnego Egiptu. Od 2007 r. jest wśród nich także popiersie prof. Kazimierza Michałowskiego.
Pierwszy zbiór egipskich starożytności powstał dzięki staraniom Rifa`a al-Tahtawi (1801-1873). Zainteresowany przeszłością swojego narodu zdołał doprowadzić do wydania 15 sierpnia 1835 pierwszych przepisów regulujących handel zabytkami. Decyzją wicekróla wyznaczono miejsce na przyszłe muzeum w niewielkim budynku w Ogrodach Ezbekija. Zadanie zgromadzenia i przeniesienia eksponatów powierzono francuskiemu inżynierowi i geografowi Maurice Adolphe`owi Linant de Bellefrondes-Bey (1799-1883). Rozporządzenie nie było jednak zbyt surowo przestrzegane - wciąż niszczono i handlowano starożytnościami. Sama kolekcja zmniejszała się z czasem, gdy Muhammad Ali i jego następcy dowolnie obdarowywali swoich zagranicznych gości. W końcu zbiory przeniesiono do jednej z sal Ministerstwa Edukacji na terenie Cytadeli. W 1855 kolekcja ostatecznie przestała istnieć kiedy Abbas Pasza ofiarował pozostałą część Maksymilianowi, arcyksięciu Austrii.
W 1858 roku Said Pasza, po usilnych namowach Auguste Mariette`a, zgodził się założyć Muzeum Egipskie w pustym meczecie. Wzniesiono wtedy także zespół pawilonów magazynowych na terenie dzielnicy Bulak w Kairze. W ramach opieki nad zabytkami powołano w tym samym roku Zarząd Starożytności, którego pierwszym dyrektorem został Mariette. Wkrótce zgromadzono znaczną kolekcję zabytków z całego kraju, dzięki intensywnym pracom wykopaliskowym prowadzonym przez ówczesnego dyrektora. Mimo trudności ekonomicznych Egiptu, udało się w 1863 otworzyć dla zwiedzających pierwsze Muzeum Egipskie, mieszczące się jeszcze wtedy na terenie Administration du Transit w budynkach nad brzegiem Nilu. Zbiory stopniowo się powiększały w miarę kolejnych wykopalisk współpracowników Mariette`a.
W 1878 wylew Nilu spowodował stratę kilku eksponatów. Powzięto decyzję o przenosinach zbiorów do nowego muzeum na południowym skraju wyspy Gezira. Plany te nie zostały jednak zrealizowane i przez następne dziesięć lat zabytki pozostały w Bulak. Podjętych przez Luigi Vasalli`ego i Gastona Maspero (kolejnych dyrektorów) starań także nie udało się urzeczywistnić, mimo że stłoczone w budynkach muzealnych zabytki wymagały przenosin w inne miejsce. Sytuacja wymusiła na wicekrólu Ismailu oddanie na nową siedzibę Muzeum swojej rezydencji w Gizie. W ciągu roku dokonano przeniesienia kolekcji, a następnie w 1890 dokonano oficjalnego otwarcia.
ze zbiorów Muzeum Egipskiego w Kairze]] Kilka lat po transporcie zabytków podjęto decyzję o powstaniu nowego budynku, którego projekt wyłoniono w konkursie. Zwyciężył Francuz, Marcel Dourgnon, pokonując 72 konkurentów. Projekt zakładał wzniesienie budowli z żelbetu nawiązującej architektonicznie do elementów klasycznego antyku. Kontrakt na budowę gmachu podpisano z włoską firmą Garozzo e Zafframi i w styczniu 1897 na terenie położonym wzdłuż koszarów brytyjskiego garnizonu stacjonującego w Kairze ruszyły prace budowlane. 1 kwietnia tego samego roku odbyło się uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego w obecności księcia Abbasa Hilmy i, ponownie pełniącego funkcję dyrektora, Gastona Maspero. Pięć lat później, 9 marca 1902, włoski architekt Alessandro Barsanti rozpoczął przenosiny zbiorów z pałacu w Gizie, wykorzystując do transportu pięć tysięcy drewnianych skrzyń. W czasie szybkiej i chaotycznej przeprowadzki zabytków poważnym uszkodzeniom uległ drewniany posąg króla Hora.
W dniu 13 lipca 1902 przeniesiono mauzoleum Mariette`a do ogrodu muzealnego, spełniając jego wolę pochowania obok gromadzonych przez siebie zabytków. Obecnie znajduje się ono na zachodnim rogu ogrodu.
Kairskie Muzeum Egipskich Starożytności otwarto oficjalnie 15 listopada 1902. Eksponaty zostały ułożone w porządku chronologicznym odpowiadającym poszczególnym epokom. Cięższe zabytki rozmieszczono na parterze, pozostałe podzielono umieszczając w kolejnych pomieszczeniach. W 1908 francuska firma Daydé, Pillé i Charwaut przebudowała świetliki umieszczone nad końcami Galerii Honorowej. Ilość napływających do muzeum,z każdym rokiem, zabytków spowodowała konieczność przygotowania piętra, w tym celu zbudowano balkony. Kolejne pomieszczenia adoptowano na magazyny, rozbudowano bibliotekę. Rozrastająca się kolekcja zmusiła dyrekcję Muzeum do zmian w układzie ekspozycji. W wyniku wykopalisk w Tell el-Amarna, odkryciu grobowca Tutanchamona w 1922 koniecznością stało się znalezienie miejsca dla nowych znalezisk. W tym celu wszystkie eksponowane sarkofagi władców stłoczono w innych częściach Muzeum. Przed budynkiem utworzono ogród, na środku którego znajduje się fontanna otoczona zabytkami. Cały teren Muzeum otacza żelazne ogrodzenie.
Na pierwszym piętrze obecnego gmachu otwarto niedawno salę z królewskimi mumiami.
W muzeum znajduje się galeria wielkich egiptologów. W dniu 21 października 2007 roku miała miejsce uroczystość odsłonięcia popiersia Profesora Kazimierza Michałowskiego oraz otwarcie w Muzeum wystawy prezentującej dorobek 70 lat pracy polskich archeologów i konserwatorów nad Nilem.
Obecnym dyrektorem muzeum jest Mamdouh Mohamed Eldamaty.
Od 21 października do 31 stycznia 2008 roku w Muzeum Egipskim w Kairze otwarta była wystawa, prezentująca najcenniejsze zabytki pozyskane podczas prac prowadzonych przez polskie misje wykopaliskowe z terenu całego Egiptu: Edfu, Sakkary, Deir el-Bahari, Tell Atrib, Aleksandrii, Sheich abd el-Gurna, Naqlun. Dla zwiedzających wystawiono m.in. rekonstrukcje dwóch późnopredynastycznych figur pokrytych złotą blachą oraz unikatowe, miniaturowe figurki wykonane z kła hipopotama datowane na okres wczesnodynastyczny ze stanowiska Tell el-Farcha w Delcie Nilu. Kuratorem wystawy była Aleksandra Majewska. Wystawa rozpoczęła się uroczystością odsłonięcia popiersia Profesora Kazimierza Michałowskiego w panteonie wielkich egiptologów w Muzeum Egipskim.
Początkowo wystawa miała być otwarta do 21 listopada 2007. W związku z wielkim zainteresowaniem, jakie wzbudziła polska wystawa archeologiczna w Kairze, przedstawiciele Najwyższej Rady Starożytności Egiptu zadecydowali o jej przedłużeniu do końca stycznia 2008.
Zaprezentowano na niej 150 eksponatów z dziewięciu polskich
