Naukowe Muzeum Morskie w Tokio (jap. 船の科学館 Fune no Kagakukan, nazwa w jęz. ang. Museum of Maritime Science) – otwarta w 1974 roku placówka muzealna w Tokio, w dzielnicy Shinagawa, poświęcona technice morskiej i związkom Japonii z morzem.
Muzeum zbudowano na sztucznej wyspie Odaiba, położonej na Zatoce Tokijskiej, w środku ruchliwego portu tokijskiego. Główny budynek muzeum ma postać statku, wewnątrz którego są sale wystawowe; na maszcie „statku” umieszczona jest platforma widokowa, pozwalająca śledzić ruch w porcie.
Jest to przede wszystkim muzeum historii i współczesnej techniki morskiej. Wystawy obejmują kolekcję rozmaitych elementów techniki okrętowej oraz modele statków i instalacji portowych, np. dioramę funkcjonującego doku kontenerowego. Nacisk położony jest na technologię i dzieje marynarki handlowej, historia floty wojennej zredukowana jest do minimum. Nawet wydobyta z morza lufa działa artylerii głównej pancernika „Mutsu” traktowana jest jako przykład technologii morskiej.
Na ekspozycji zewnętrznej muzeum prezentowane są: